L’UNPT, en tant que syndicat agricole national représentatif affilié à la FNSEA, est piloté par un conseil d’administration de 45 membres, tous producteurs de pommes de terre. Ils sont élus par les 60 délégués de l’UNPT eux même élus par leurs pairs au sein de différentes structures économiques  adhérentes comme les groupements ou et les coopératives, ou via des structures syndicales telles que les FDSEA et FRSEA.  Ces agriculteurs représentent la riche diversité des débouchés de la pomme de terre — frais, industrie et fécule — ainsi que les multiples régions productrices du pays. Un bureau de 10 membres, élu parmi les administrateurs, est dédié à la préparation des propositions stratégiques discutées lors des réunions du conseil.